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Der Sanitätsdienst der Bundeswehr ist für die Gesundheitsversorgung der Angehörigen der Bundeswehr zuständig. Zentrale Aufgabe des Sanitätsdienstes ist es, die Gesundheit der Soldatinnen und Soldaten zu schützen, zu erhalten sowie wiederherzustellen. Dies gilt sowohl im Einsatz als auch im Heimatland. Bei Einsätzen und anerkannten Missionen entspricht die sanitätsdienstliche Versorgung vor Ort dem fachlichen Standard in Deutschland. Auf Grundlage dieser Maxime ist die Organisation und Struktur des Sanitätsdienstes der Bundeswehr ausgerichtet.
Die Gesundheitsversorgung der Bundeswehr ist der Oberbegriff aller Maßnahmen, die mit der Gesundheit ihrer Angehörigen in Zusammenhang stehen. Das eigenständige, komplexe Gesundheitssystem umfasst die Patientenversorgung, den Gesundheitsschutz und die Gesundheitsförderung. Hinzu kommen die Weiterentwicklung und Forschung sowie die Führung und Steuerung dieses militärischen Gesundheitssystems. Die Organisation und Struktur des Sanitätsdienstes der Bundeswehr spiegelt alle Elemente des zivilen Gesundheitssystems aus einer Hand wider.
Das Kommando Sanitätsdienst der Bundeswehr führt den Zentralen Sanitätsdienst und ist fachlich für die Gesundheitsversorgung der gesamten Bundeswehr verantwortlich. Darüber hinaus nimmt das Kommando im Rahmen der Eigenvollzugskompetenz, soweit diese der Bundeswehr durch Rechtsvorschriften übertragen wurde, bestimmte Aufgaben auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Aufsicht wahr. Das Kommando Sanitätsdienst der Bundeswehr gestaltet im Zusammenwirken mit seinen Fähigkeitskommandos Verfahren und Abläufe so, dass die sanitätsdienstliche Versorgung der Soldatinnen und Soldaten sowohl im Inland als auch im Einsatz jederzeit gewährleistet ist.
Die Gliederung des Kommandos folgt einer fähigkeits- und prozessorientierten Führungsstruktur.
Der Inspekteur des Sanitätsdienstes der Bundeswehr führt das Kommando Sanitätsdienst der Bundeswehr. Unterstützt wird er durch den Chef des Stabes, der die Arbeit des Kommandos koordiniert. Diesem steht eine Spezialstabsabteilung sowie das Presse- und Informationszentrum zur Seite.
Der Stellvertreter des Inspekteurs des Sanitätsdienstes der Bundeswehr ist zugleich Kommandeur Gesundheitseinrichtungen. In dieser Funktion führt er direkt aus dem Kommando heraus

•die Bundeswehrkrankenhäuser,
•die Überwachungsstellen für öffentlich-rechtliche Aufgaben,
•die Zentralen Institute des Sanitätsdienstes der Bundeswehr und
•das Institut für Präventivmedizin der Bundeswehr.
Die Wehrpharmazie, das Veterinärwesen, die Zahnmedizin sowie die Krankenpflegeberufe werden von den Leitenden der jeweiligen Aufgabenbereiche aus dem Kommando Sanitätsdienst der Bundeswehr heraus geführt.
Die prozessorientierte Ausrichtung des Kommandos Sanitätsdienst der Bundeswehr spiegelt sich vor allem in der Aufgliederung in die drei Abteilungen A, B und C wieder.

•Die Abteilung A ist für Konzeption, Weiterentwicklung, strategische Überlegungen und approbationsbezogene Aufgaben verantwortlich.
•Die Abteilung B stellt alle Ressourcen zur Auftragserfüllung zur Verfügung, das heißt Personalmanagement, Organisationsgrundlagen, Infrastruktur, Logistik, Führungsunterstützung und Verwaltung.
•Die Abteilung C unterstützt die fachdienstliche Führung der Bundeswehrkrankenhäuser und bearbeitet mit Schwerpunkt die Belange des Krankenhausmanagements für die fünf Bundeswehrkrankenhäuser.